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Le Muséum d'Histoire naturelle est depuis 2016 bibliothèque délégataire du Groupement d’intérêt scientifique (GIS) CollEX-Persée. Cette infrastructure de recherche qui a succédé au dispositif des CADIST (Centres d'acquisition et de diffusion de l'Information scientifique et technique) a pour mission d’organiser la coopération entre les grandes bibliothèques patrimoniales et scientifiques et de développer à partir de collections d'excellence des services au plus près des besoins des chercheurs. La collection des bibliothèques et des archives du Muséum a été labellisée « CollEx », ce label reconnaissant qu’elle présente, par son ampleur et sa spécificité, un intérêt majeur dans les disciplines de l'histoire et des sciences naturelles et de l'Homme. Au sein du comité opérationnel CollEX-Persée, le directeur des bibliothèques du Muséum assure le pilotage et l'animation du programme dédié au développement des services à la recherche.
Après avoir pris part à l’Association Sorbonne Université, le Muséum d'Histoire naturelle a rejoint en 2018 l'Alliance Sorbonne Universités. La Direction des bibliothèques du Muséum collabore avec ses homologues des services communs de la documentation des établissements membres de l'Alliance et est particulièrement engagée dans les axes de coopération visant au développement de la Science Ouverte. Le directeur des bibliothèques du Muséum représente la direction générale déléguée aux collections du Muséum au sein du Conseil académique de l'Alliance.
Pôle associé de la Bibliothèque nationale de France depuis la création de ce dispositif de coopération, la Direction des bibliothèques du Muséum collabore à la politique de numérisation partagée et de médiation numérique initiée par la BnF. Sa bibliothèque numérique accessible depuis le portail des bibliothèques du Muséum est régulièrement moissonnée par la BnF et de ce fait rendue accessible depuis le portail Gallica ainsi que depuis le portail européen Europeana.
Bibliothèque numérique de référence pour la communauté des chercheurs en sciences naturelles, Biodiversity Heritage Library est portée par un consortium international de grandes bibliothèques ou d’établissements spécialisés dans le domaine des sciences naturelles, dont le Muséum national d’histoire naturelle est membre depuis janvier 2016. Une partie des collections numérisées par le Muséum est également accessible depuis le portail BHL.
Opérateur de la politique nationale de signalement de l'Enseignement supérieur et de la recherche, l’Abes œuvre pour la production et la normalisation des données bibliographiques dans les catalogues collectifs (Sudoc, Calames), le signalement des thèses ou encore l’achat groupé de ressources électroniques. La direction des bibliothèques du Muséum contribue au fonctionnement et à la gouvernance de l'Abes par sa contribution régulière à l'alimentation des catalogues nationaux, le portage du centre régional PS Sudoc en Biologie animale et végétale ou encore la participation de plusieurs experts aux travaux de normalisation dans le cadre de la Transition bibliographique. Le directeur des bibliothèques du Muséum est membre du conseil scientifique de l'Abes.
