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Le premier anthropologue du Jardin du Roi fut nommé dès 1635, date à laquelle Marin Cureau de la Chambre fut appointé comme démonstrateur de chirurgie et d’anatomie. Ce titre fut remplacé en 1729 par celui de professeur d’anatomie. La création du Muséum en 1793 s’est accompagnée de celle de la chaire d’Anatomie humaine dont le premier titulaire fut Antoine Portal. Elle devint en 1855 la chaire d’Anthropologie avec Armand de Quatrefages comme titulaire. En 1928 c’est Paul Rivet qui en prit la direction. En 1937, au moment de la fondation du Musée de l’Homme, il fit installer le laboratoire au Palais de Chaillot et en profita pour transformer la chaire en Ethnologie des hommes actuels et des hommes fossiles. Les titulaires de cette chaire ont présenté la caractéristique d’être également directeurs du Musée de l’Homme. Deux nouvelles chaires sont apparues ensuite, marquant les spécialisations de la recherche : chaire de Préhistoire en 1962, chaire d’Ethnologie en 1970.
La bibliothèque du Musée de l’Homme, créée par Yvonne Oddon à l’instigation de Paul Rivet et Georges Henri Rivière, offrait toute la documentation nécessaire aux travaux de recherche dans ces disciplines. Elle s’est dès le début caractérisée par le choix de la classification de la bibliothèque du Congrès (LCC). Elle conserve toujours un fonds de préhistoire d'un grand intérêt historique. Elle bénéficie depuis 1948 d'une convention de dépôt des acquisitions documentaires de la Société préhistorique française. En mai 1951, la Société d’anthropologie de Paris a signé à son tour une convention de dépôt de sa bibliothèque, dépôt transformé en don en novembre 2015. En 1960, elle a reçu le legs des livres de l'abbé Breuil et a fait l'acquisition, trois ans plus tard, de la bibliothèque d'Harper Kelley, ancien chef du département Préhistoire du musée. De 1982 à 2014, elle a été attributaire de la subvention du CADIT (centre d'acquisition et de diffusion scientifique et technique) en préhistoire.
Suite au transfert des collections d’ethnologie extra-européenne au Musée du Quai Branly et au Musée des civilisations de l'Europe et de la méditerranée en 2003, la bibliothèque a fermé en 2004. La bibliothèque rouvre brièvement entre 2006 et 2008 avant de transférer ses collections jusqu'en 2015 à la bibliothèque centrale du Muséum dans le cadre du projet de rénovation du "Nouveau musée de l'Homme".
Avant la réouverture de 2015, la bibliothèque d'ethnobiologie, sise au Jardin des Plantes a été intégrée aux collections de la bibliothèque du musée de l'Homme. 1912 vit la création d’un laboratoire d’Agronomie coloniale, placé sous la direction de son fondateur, le botaniste Auguste Chevalier. La mission principale du laboratoire consistait à prospecter et mener des recherches sur les ressources végétales des pays tropicaux. En 1929 le laboratoire fut transformé en chaire et laboratoire et renommé après la deuxième guerre mondiale Agronomie tropicale. Roland Portères succéda en 1954 à Auguste Chevalier. En 1963, il obtint la transformation du domaine du laboratoire et de la chaire en Ethnobotanique, et son extension en 1966 à l’Ethnozoologie. Ce laboratoire est ensuite devenu un laboratoire d'Ethnobiologie-biogéographie. Le fil conducteur actuel des recherches demeure les relations et interactions entre les sociétés humaines et leurs environnements végétaux et animaux.
La bibliothèque d’ethnobiologie s'est particulièrement enrichie grâce à la Revue de botanique appliquée et d’agriculture coloniale, créée par Auguste Chevalier, qui a permis des échanges avec d’autres institutions à travers le monde. Ces échanges ont perduré jusque dans les années 2000, la Revue de botanique appliquée et d’agriculture coloniale étant devenue JATBA, revue d’Ethnobiologie. Les collections se sont également diversifiées en fonction des thématiques de recherche. La partie la plus récente est davantage axée sur l’histoire et la géographie des ressources végétales et animales, l’utilisation humaine de ces ressources, les savoirs qui s’y rattachent, la transformation des systèmes naturels par les sociétés, les représentations de la nature : agriculture traditionnelle, évolution des paysages, domestications, plantes cultivées, ethnomédecine, etc...
La bibliothèque du Musée de l’Homme Yvonne Oddon résulte de la reconfiguration de ces différents ensembles. Elle se caractérise désormais par trois disciplines phares: préhistoire, anthropologie biologique et ethnobiologie. Outre ses collections en magasins, elle propose désormais une salle de lecture comportant 10 000 ouvrages en libre accès et les dernières années d’une soixantaine de revues. La bibliothèque a ouvert au 4e étage du Musée de l’Homme le 2 décembre 2015.
