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Le premier titulaire de la chaire de Géologie en 1793 fut Barthélémy Faujas de Saint-Fond. Comme lui, ses successeurs, Pierre-Louis Cordier, Auguste Daubrée, Stanislas Meunier, ont donné ou légué au fonds documentaire adossé à la chaire des documents qui l’ont enrichi progressivement. C'est le professeur Paul Lemoine qui transforma ce fonds en bibliothèque de géologie dans les années 1920. Cette bibliothèque suivit le laboratoire de géologie dans son nouveau bâtiment en 1976. Spécialisée en géologie sédimentaire et stratigraphique, elle s’est enrichie grâce aux dons de professeurs comme René Abrard, Robert Laffitte ou Lucien Leclaire. Ses acquisitions portent essentiellement sur la géologie régionale du Bassin de Paris, la géologie de l’Afrique du Nord, la géologie marine, la paléo-océanographie, les faciès confinés et évaporitiques. Outre les monographies, périodiques et tirés à part, cette bibliothèque se caractérise par une importante cartothèque comprenant des cartes géologiques de France au 1/50 000e et 1/80 000e, ainsi que des cartes de l’Afrique du Nord et des territoires des anciennes colonies françaises.