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La chaire d'"Anatomie des animaux" fut créée en 1793. Dirigée de 1802 à 1832 par Cuvier, elle fut rebaptisée par Blainville chaire d'"Anatomie comparée" lorsqu'il lui succéda à sa tête. Actuellement, deux groupes de recherches y sont rattachés, l'un travaillant sur la morphologie fonctionnelle, l'autre sur l'archéobiologie (archéozoologie et archéobotanique) et l'histoire des sociétés. Les collections documentaires de la bibliothèque d'anatomie comparée sont constituées de tous types de documents : monographies, tirés à part, périodiques, thèses, ainsi que planches anatomiques.
Divers fonds la caractérisent : un fonds de locomotion animale ; un fonds d'anatomie comparée concernant la biologie de tous les mammifères dont l'homme, mais aussi les poissons, amphibiens, batraciens et reptiles ; le fonds "collections" documente les collections naturalistes du laboratoire ; le fonds d'archéozoologie et archéobotanique fut créé dans les années 1980 et ne cesse de s'enrichir. Enfin, la bibliothèque conserve les archives scientifiques concernant la découverte et l'étude des cœlacanthes. En effet, le laboratoire d'anatomie comparée a longtemps été le lieu de recherche phare sur les cœlacanthes, dont le premier découvert, le Cœlacanthe Latimeria Chalumnae. Il en a résulté pour le laboratoire une très importante collection de specimens, et pour la bibliothèque un riche fonds documentaire lié à leur recherche et à leur protection, constitué de correspondances, documents de travail, dessins, planches, photographies, etc.
