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La bibliothèque scientifique personnelle du professeur Albert Gaudry (1827-1908) est à l’origine de la Bibliothèque spécialisée de paléontologie du Muséum. Ce fonds reçu en legs par Marcellin Boule, son élève et disciple, a été donné par ce dernier au Laboratoire de Paléontologie à la mort de Gaudry en 1908.
Gaudry est reconnu comme le fondateur de la paléontologie évolutive moderne. Tout d’abord aide-naturaliste, de 1853 à 1872, de la Chaire de paléontologie qui vient juste d’être créée en 1853 pour Alcide d’Orbigny, son beau-frère, il en prend la direction en 1872 après plusieurs années d’attente. Il impose son projet de construction d’un nouveau bâtiment de paléontologie, inauguré en 1898, avec un agencement innovant présentant chronologiquement les fossiles. En 1902, Marcellin Boule lui succède à la tête de la Chaire.
En 1853, envoyé dix mois en mission scientifique en Orient (Chypre, Syrie, Egypte) par le Muséum et le Ministère de l’Agriculture, du Commerce et des Travaux Publics, il observe et dessine (à cheval) l’agriculture de l’île de Chypre, en établit une carte agricole et publie en 1855 Recherches scientifiques en Orient entreprises par les ordres du gouvernement, pendant les années 1853-1854 : partie agricole.
Du retour de mission, il passe par Pikermi, près d’Athènes et y voit des ossements fossiles. Il en rapporte près de 5 000 échantillons, point de départ de fouilles et de missions futures, de recherches comparatives sur l’histoire de l’évolution des animaux fossiles.
En 1862-1867, parait Animaux fossiles et géologie de l'Attique, d'après les recherches faites en 1855-56, et en 1860 sous les auspices de l'Académie des sciences qui comprend un texte et un atlas de 65 planches. Observant des fossiles d’animaux, il retrouve des formes intermédiaires, des «enchaînements» qui le font alors pencher pour la théorie de la transformation des espèces.
En 1866, il effectue des fouilles dans le Lubéron et les fossiles récoltés constituent au Muséum national d’histoire naturelle une collection de référence encore étudiée. En 1873 paraît Animaux fossiles du Mont Léberon (Vaucluse) : étude sur les vertébrés.
Il continue d’étudier de curieux fossiles mis à jour dans les schistes d’Autun comme l’Actinodon.
Ses observations l’ont fait progressivement adhérer aux idées évolutionnistes de Darwin contrairement à ses confrères du Muséum restés fixistes ou transformistes. Ainsi, trouve-t-on dans sa bibliothèque personnelle différents ouvrages de Charles Darwin abondamment annotés par lui comme De l'origine des espèces ou Des lois de progrès chez les êtres organisés (traduction en français de la troisième édition anglaise par Clémence-Auguste Royer parue en 1862).
Tirées de De l'origine des espèces ou Des lois de progrès chez les êtres organisés
Guillaumin. Paris, 1862
Muséum national d'histoire naturelle, Bibliothèque centrale du MNHN, 216 552
Muséum national d'histoire naturelle, Bibliothèque de paléontologie, PALE Vol 8o 183
En 1878, Albert Gaudry publie Enchaînements du monde animal dans les temps géologiques. Mammifères tertiaires suivi en 1883 de Fossiles primaires et enfin en 1890 de Fossiles secondaires. Tous ces travaux expliquent la théorie de l’évolution. En point d’orgue est édité Essai de paléontologie philosophique en 1896.
Sa bibliothèque est le reflet de la vie scientifique de la seconde moitié du XIXème siècle et de ses controverses. On y trouve non seulement des publications de scientifiques qui partagent ses idées évolutionnistes comme Gaston de Saporta, Charles Depéret, mais également de ceux qui les combattent comme Joachim Barrande, Adolphe d’ Archiac, Paul Gervais.
Des confrères paléontologues du monde entier lui offrent et dédicacent des ouvrages et des tirés à part qu’il fait relier en recueils factices avec une organisation intellectuelle qui lui est personnelle.
Tirées de Odontornithes: a monograph on the extinct toothed birds of North America
Govt. Print. Off.. Washington, 1880.
Muséum national d'histoire naturelle, Bibliothèque centrale 14 947
Muséum national d'histoire naturelle, bibliothèque de paléontologie, PALE Vol 4o 368
De renommée internationale, l’œuvre de Gaudry a été traduite rapidement en différentes langues.